Ha a hulladékokról és egyes irányelvek hatályon kívül helyezéséről szóló, 2008. november 19-i 2008/98/EK európai parlamenti és tanácsi irányelven kívül más uniós jogi aktust átültető vagy végrehajtó jogszabály e törvényben foglaltaktól eltérően rendelkezik, e törvény hatálya nem terjed ki:

az állati melléktermékekre, ideértve a belőlük származó feldolgozott termékeket, kivéve, ha azokat hulladéklerakóban történő lerakásra, égetésre, valamint biogáz- vagy komposztáló üzemben történő hasznosításra szánják.

Ezzel összefüggésben tehát megállapítható, hogy főszabályként nem a Ht.-ben foglaltak az irányadóak, de fölmerülhet annak eshetősége, hogy a megfelelő szabályozás hiányában ide tartoznak a fentebb említett esetek. Ennek kapcsán azonban megjegyzendő, hogy a trágyakezelés kérdésénél jellemzően a biogáz előállítás, mint engedélyezett hulladékkezelési mód merülhet fel.